Systems biology : properties of reconstructed networks
- نوع فایل : کتاب
- زبان : انگلیسی
- مؤلف : Bernhard Palsson
- ناشر : New York : Cambridge University Press
- چاپ و سال / کشور: 2006
- شابک / ISBN : 9780511147050
Description
Preface page ix 1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1 2 Basic Concepts in Systems Biology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12 PART I. RECONSTRUCTION OF BIOCHEMICAL NETWORKS 3 Metabolic Networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 4 Transcriptional Regulatory Networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54 5 Signaling Networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74 PART II. MATHEMATICAL REPRESENTATION OF RECONSTRUCTED NETWORKS 6 Basic Features of the Stoichiometric Matrix . . . . . . . . . . . . . . . . . . .89 7 Topological Properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 8 Fundamental Subspaces of S . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118 9 The (Right) Null Space of S . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 136 10 The Left Null Space of S . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154 11 The Row and Column Spaces of S . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 170 PART III. CAPABILITIES OF RECONSTRUCTED NETWORKS 12 Dual Causality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179 13 Properties of Solution Spaces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201 14 Sampling Solution Spaces . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228 15 Finding Functional States . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244 16 Parametric Sensitivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 265 17 Epilogue . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 282 vii viii Contents APPENDIX A. Nomenclature and Abbreviations 287 APPENDIX B. E. coli Core Metabolic Network 294 Bibliography 299 Index 317
